Ano dá... SE si v takovém případě vytváří vlastní cfg - fsx-se.cfg
Koukni na steam diskuze, tam to občas proběhne. Sice nevidím kloudný důvod mít nainstalovány obě verze. Obsahově je SE totožná s Acceleration. Leda že máš hafo pluginů co na SE nefungují, ale pak stačí vzít poslední verzi pokud vývojář ještě existuje a neprdí na to. Z těch používanějších nechodí snad jen FS Recorder.
