Na některých deskách je to jinak, ale to je potřeba to tam prostě dát protože jinde se to nevejde, třeba iATX desky mají často M.2 slot z druhé strany desky za procesorem.
Díl od CPU to dát nemohou, zvláště u PCIe 4.0. Jde o to jak dlouhé jsou ty "dráty" od disku do procesoru. PCIe 4 je hodně drahé protože vyžaduje výrazně vyšší kvalitu spojů a hlavně jejich kratší vedení. Proto vidíš že první M.2 a první PCIex16 slot mají 4.0 a ostatní jsou většinou jen 3.0.
Je to taky důvod proč AMD nedovolilo podporu 4.0 pro starší desky, ty prostě nebyly na tohle stavěné a i když tomu nic nebrání to tam pustit, tak to nebude spolehlivé a to samo nikdo nechce.