Problém je v tom, že ty zmenšené mraky jsou ve formátu DXT, což je formát v FS-ce pro mraky neoficiálně zakázaný právě z důvodu padání pokud nemáš zaškrtlou volbu render to texture. Jenže tahle volba jednak ubírá FPS a jednak způsobuje další problémy (viz. to blikání).
Pokud ti mohu doporučit řešení ohledně textur s malým rozlišením, tak si pořiď ActiveSky, jehož součástí je AS Graphics, který obsahuje (nejenom) tunu textur mraků od rozlišení 64x64 až do 512x512. Tady si můžeš krásně experimentovat se vzhledem mraků i jejich náročností na HW.