Z vlastní zkušenosti mohu doporučit následující postup.
Vytvoř flight plan ve FSNavu. Vyexportuj ho do formatu pro FS2004. Takto vyexportěný plán nahraj do flight planeru ve FS2004 a znovu ho ulož. Tímto krokem si FS lehce poupraví body podle své vlastní databáze. Nebo spíš si to přeloží do podoby kterou dokáže zkousnout. Mno a takto přeuložený plán by měl chodit do pohody.
Jen dej pozor z jaké stojánky začínáš. Pokud máš třeba scenérii pro LKPR s jiným AFCADem než defaultním, a dáš při exportu z FSNavu stojánku která v defaultu není, tak se objevíš na aktivní dráze.