Samořejmě to jde. Sám to mám zpojené hodně podobně (jeden joystick normální, druhý na pedály, trimy a nějaký ten přepínač). Oba ovladače připojíš k PC (předpokládám, že do USB portu) a pak si ve FS nakonfiguruješ každý zvlášť. Ale jestli se Ti jeden z nich nezobrazuje v nabídce, bude problém asi někde jinde...