Co používáš na konverzi textur do DXT? Pokud ConvDXT, tak je to jednoduché. Stačí všechnu vodní plochu vybarvit jednou barvou a tu pak v ConvDXT zvolit jako "transparent" a on už se o vše postará.
Pokud ImageTool, je to horší, je potřeba textury po resamplu převézt na 32 bit TGA, v alfakanálů vybarvit vodní plochy a potom teprve konvertovat do DXT, což je strašně nepříjemné a složité.
Ale na malých potůčkách to někdy vypadá blbě ( viz právě ten Beroun a některé okraje Berounky a to už považuju Berounku za velkou řeku ).